余英时教授的论文，时而发表在一般报刊之上，《历史与思想》中收录的《反智论与中国政治传统》，1975年便在香港《明报月刊》和台北《联合报》副刊上同时发表，读者益增，包括社会中人，余教授的影响力已不可小觑。其时大陆“文革”未歇，而台湾尚处威权时代，余教授此文一针见血，指出统治阶层历来多有反智倾向，在时局上撼动了尤属台湾的学界，引起不少读者共鸣。余教授身为史家的道德勇气，表现无遗，而中文学界也看到一颗史学新星霍地崛起。
1976年补写完成的《“君尊臣卑”下的君权与相权》和《唐、宋、明三帝老子注中的治术发微》诸文，又深入中国政治史深处，同为《历史与思想》中的名篇，学界无不推崇，而余教授一代良史的地位自此奠定。至于《论戴震与章学诚》一书，对清代中叶的学术世界，更有不同于以往的看法，余教授从戴震(1724-1777)与章学诚(1738-1801)新出的论著推敲，以为此刻学者并非专事文字训诂而已，所谓“乾嘉之学”实含大量的思想与知识论述，“寓思于学”。
在哈佛任教的岁月，余英时教授也把学问触角伸至文学，显现他承袭自钱穆的博学胸怀。明清小说与民间文化的密切关系，他自小体认，未曾忘怀，曾就此题在上个世纪90年代为柳存仁的《和风堂新文集》撰写长序。余教授攸关中国旧小说的评论，尤以《红楼梦》的研究最为人知。1978年的《红楼梦的两个世界》一面从学术史的角度分析近世红学的发展，一面则提出小说中明显可见有大观园与大观园以外的两个“乌托邦世界”和“现实的世界”之见，由此再形成二元对立的小说结构，例如“清”与“浊”、“情”与“淫”、“真”与“假”，以及风月宝鉴的正反两面的世界建构等。余教授认为掌握了此一叙述线脉，“我们就等于抓住了”曹雪芹的“创作企图”及其“中心意义”。余教授之见过去学界并非乏人注意，但他的析论却是历来最精，最详，而且洞见频仍，因使《红楼梦》的研究界广泛引为知己，而由此派生的红学论述乃一一问世。史家余英时，当然身兼红学大师。衡诸钱穆的浸染，余教授此一尊衔，其来有自。
评述近代学人
《红楼梦的两个世界》的主文，写于哈佛时期，然而成书，却已迟至余英时教授身在耶鲁的十年岁月(1978-1987)，而这也是他一生最为多产的时期。这段期间内，余教授还曾应美国政府要求，以团长身份带领美国汉学家访问中国，由北京、洛阳而至成都等地考察。此外，他则全神贯注在学问上，一面补充方以智的研究，一面展开中国近代学人的评述，再则又伸出第三只手，对古代中国循吏与商人文化也同表兴趣，而积学日久，触角遂又转向朱熹，以英文撰文研究之，并且成为撰写《剑桥中国史》有关汉代与外夷关系的专章的不二人选。
近代学人的评述，余教授早在学生时代即有所论，《陈寅恪先生论〈再生缘〉读后》(1958)草成，其后便是耶鲁时期继之的《陈寅恪晚年诗文释证》(1984)。余教授以史家的情感，文学批评家的洞察力，考释陈寅恪(1890-1969)借他人之酒杯，浇自己胸中块垒的前人诗文与传记的研究，又从陈氏诗中窥知他的兴亡遗恨与时局针砭，句句俱见血泪。研究陈寅恪，未有如余教授之眼力者。胡适(1891-1962)同为史学前辈，《中国近代思想史上的胡适》由序文转成，刚好也问世于有关陈寅恪的专著付梓那一年。全书篇幅虽短，但从思想入手研究胡适，认为他“不但冲激了”当时“中国的上层文化，而且也触动了通俗文化”，允为的论。进入21世纪，此文又结合余教授其他有关胡适的另著，由中央研究院与联经出版公司刊行了《重寻胡适历程：胡适生平与思想再认识》(2004)。顾颉刚(1893-1980)的日记在近年出版，余教授旋即亦据之撰序，居然又得《未尽的才情：从〈顾颉刚日记〉看顾颉刚的内心世界》(2007)一书，道尽出五四以还，顾氏和傅斯年(1896-1950)之间近似瑜亮的情结，乃学界过去罕察者。
呼唤“更新价值系统”
耶鲁时期刊行的《史学与传统》(1982)，收录了不少关于古人与今人较短的研究，而余教授虽强调历史研究所重者乃时间性，不过他不认为历史一成不变，中国也没有不变的道统、学统或政统。中国民主制度所以不彰，原因便在帝制虽亡，掌权者的思维却没变化，“变相的皇权”仍然存在，真正的现代化就不易实现。余教授此时的另一巨著是《中国近世宗教伦理与商人精神》(1987)。此书深受韦伯的启发，从儒释道的世俗化出发，长篇论证明清两代商人所受之影响，从而提出此刻中国商人已有自己的意识形态。他们纵难“立言”，也希望“立德”与“立功”，再非前代默而无声的一群人。余教授黾勉以赴，所撰不在韦伯的《新教伦理与资本主义的精神》之下。
职是之故，余英时教授绝非文化价值不变论者。年少时，他批评过传统文化，迄今犹有难以接受的中国传统，而且毫不讳言中国有其尚待西化之处。尽管如此，耶鲁时期的名篇《从价值系统看中国文化的现代意义》却相信整体而言，中国的价值系统经得住现代化——甚至是后现代情境——的考验。中国人所应致力者，是赓续发掘本身已有的精神资源，“更新自己既成的价值系统”，庶几就不会在变局中迷失自己，甚而可以贡献一己，为万世开太平。余教授此一名文，后来不仅单行出版，也变成他继之而来的文选《中国思想传统的现代诠释》(1987)的开卷之作。后书冶思想史、文化史和社会史为一，篇篇皆具分量与重量，可谓体大而精深。余教授认为思想传统的诠释，必得因势利导，援引西方概念和方法论以说之，就如儒学在宋明两代也因佛教而自我更新了。然而西来思想有良窳，“最粗暴”的乃是史观学者笔下的“公式化处理”。《中国思想传统的现代诠释》中，余教授的诠释角度灵活不已，中国古往今来思想上的人与事，即使是我们耳熟能详的“君子”的观念，余教授也认为其定义因时因人而异。以先秦时代为例，“君子”常指“男子”，尤指在上位之男性贵族而言，迄儒家才开始带有道德色彩，仅次于可望而不可即的圣人，而“弘毅进取”系君子共同的特色。余教授探本寻源，所论说服力甚强。
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