此种碎片化改革的弊病表现为改革措施琐碎、相互冲突、彼此脱节，同时由于碎片化的改革方案往往局限于某一主体的内部问题，未能涉及改革的整体，因而难以在全局范围内解决整个司法体制中所存在的问题。此外，在改革碎片化的情况下，难免有一些机构以改革为名，行扩权之实。最终非但难以实现改革的预期目的，甚至会使改革南辕北辙。
举例来讲，十八届四中全会提出推进以审判为中心的诉讼制度改革，此项措施无疑涉及到公、检、法三机关。因此，最高法院、最高检察院、公安部分别在《关于全面深化人民法院改革的意见》、《关于深化检察改革的意见(2013—2017年工作规划)》、《关于全面深化公安改革若干重大问题的框架意见》中进行相关的制度设计。很显然，侦查、起诉、审判作为刑事诉讼三个不同的环节，由三机关分别进行制度设计自有其合理性。但建立以审判为中心的诉讼制度实质上是司法权在三机关之间的重新配置。因此，若未在三机关之间进行必要的统筹与协调，难免会出现改革措施相互之间的不一致。如最高法院提出：“到2016年底，推动建立以审判为中心的诉讼制度，促使侦查、审查起诉活动始终围绕审判程序进行”，但最高检察院、公安部若缺失相应的安排，最高法院的愿望难免会落空。
第四大隐忧：未经成熟试错即上升为所谓的经验盲目推广
试错式改革指的是在一定的范围内，按照预设的理论和制度安排进行探索型改革，通俗来讲便是所谓的“摸着石头过河”。由于此种范式的改革能够在很大程度上减少改革成本、降低改革风险，因此其成为改革开放以来中国特色社会主义道路探索的重要方法之一。同样，在司法改革中，改革者亦注重试错式改革的运用。中央全面深化改革领导小组审议通过的《关于司法体制改革试点若干问题的框架意见》即为一例。但是，我们需要注意的是，试错式改革所获得的“经验”唯有经由长时间的检验始得进一步推广。换言之，若未经成熟的试错，便将其上升为所谓的经验而盲目推广，不仅有违试错式改革的初衷与本意，而且极易造成改革局势的混乱、徒增改革的成本和风险。
然而，当下的司法改革似乎未能充分意识到这一点。实践当中尚存在不少未经成熟试错的改革措施，却依然在较大范围内乃至全国盲目推广。举例来说，去年选取上海、吉林、湖北等七省市作为司法改革试点。今年年初，又将云南、山西、内蒙古等十一个省市自治区纳入第二批司法改革试点。改革俨然有在全国范围内全面铺开之势，但在经验尚未成熟之际便如此疾风骤雨般地推进改革显然带有盲目性。再举例，最高法院急忙推出的巡回法庭，其目的到底是为了打破地方主义、推动司法竞争，还是只是为了缓解北京上访压力、扩张最高法院事权并借机扩张机构人员?又比如，最高检察院普遍推行的人民监督员制度，原本只是为了回应社会对检察院部分案件自侦、自捕、自诉因而缺乏程序正义的质疑，各地的试点方案五花八门，但未及充分总结经验得失的情况下，此次也搭借司改之春风遽尔出台。
第五大隐忧：部分改革措施理论逻辑混乱不清
改革措施应当遵循一定的理论逻辑，因为理论逻辑的混乱极易造成该措施在实践中乱象丛生。遗憾的是，此轮改革中的不少措施便存在理论逻辑混乱的问题，具体表现有三：
其一，改革所涉及的概念意涵未能厘清。比如，司法改革之对象“司法体制”本身的逻辑意涵是什么?是指与政治体制相关联的司法体制?还是仅指公、检、法相互关系的司法体制?作为政治体制改革组成部分的司法体制改革，则必须关涉司法权与政党权、立法权、行政权、新闻监督权等诸多权力、权利的关系，因而属于系统性、结构性改革;作为型塑公、检、法良性互动关系的改革则关系三种权能的配置、权重的调整等。又比如，我国将检察权、审判权均视为司法权，但这两种权力毕竟又各有不同的属性及运行特点，在进行司法改革时能否用一种方式来解决各自面临的地方化、行政化问题?
其二，改革措施未经系统设计，难以有效融入既有体制。如省以下地方法院、检察院人财物统一管理与人大制度的冲突问题。根据《宪法》规定，法院、检察院由本级人大产生，并对其负责，受其监督。但在统管后，省以下地方人大与同级法院、检察院之间是否还有负责和监督的关系，还是本级人大与省级人大共同监督负责?此类问题，现有的改革方案皆欠缺必要的考量。
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